Молодые ученые СамГМУ создают софт, облегчающий разработку тест-систем для диагностики инфекций и генетических заболеваний

Проект, реализуемый в Научно-образовательном центре генетических и лабораторных технологий Самарского государственного медицинского университета Минздрава России (НОПЦ ГЛТ СамГМУ), получил грантовую поддержку Фонда содействия инновациям в рамках конкурса «Студенческий стартап». Команда исследователей приступила к созданию прототипа отечественной программы, которая поможет лабораториям быстро и точно подбирать последовательности олигонуклеотидов для проведениях генетических исследований методами ПЦР и секвенирования. Разработка позволит эффективнее выявлять возбудителей инфекций, определять устойчивость бактерий к антибиотикам и обнаруживать наследственные мутации.

Проектом руководит аспирант кафедры медицинской микробиологии и иммунологии, младший научный сотрудник лаборатории генетических технологий в микробиологии НОПЦ ГЛТ Даниил Кокорев. В состав проектной группы вошли биолог лаборатории генетических технологий в микробиологии Игорь Залевский, заведующий лабораторией метагеномики человека НОПЦ ГЛТ Алексей Сустретов.

Как отмечают разработчики, рынок лабораторной диагностики в России активно растет. Но для российских исследователей из-за санкционных ограничений затруднен доступ к существующим в мире автоматизированным решениям, позволяющим оптимизировать процесс процесс разработки тест-систем. Решение СамГМУ призвано восполнить этот пробел.

«На сегодняшний день российские исследователи и клинические лаборатории вынуждены либо пользоваться зарубежными онлайн-сервисами, доступ к которым ограничен или нестабилен, либо подбирать праймеры и зонды вручную, что занимает много времени и не гарантирует оптимального результата. Наш прототип программы станет доступной и эффективной альтернативой, работающей на отечественных серверах с использованием актуальных геномных баз данных, — отмечает Даниил Кокорев. — Мы стремимся создать инструмент, который не только упростит работу лабораторий, но и повысит качество и скорость молекулярной диагностики, а значит — приблизит получение результатов для пациентов».

Особенностью прототипа программы станет способность как анализировать последовательности ДНК по заданным критериям пользователя, так и выполнять проверку специфичности при помощи специализированных баз данных. Результатом работы программы станут готовые последовательности олигонуклеотидов (праймеров и зондов), пригодные для использования в молекулярно-генетических исследованиях.

«Сегодня медицинская генетика и геномика становятся ключевым направлением развития персонализированного здравоохранения, — комментирует ректор СамГМУ член-корреспондент РАН Александр Колсанов. — В условиях активного импортозамещения, в соответствии с Указом Президента РФ № 680 «О развитии генетических технологий», создание собственных программных инструментов для подбора олигонуклеотидных последовательностей — это не просто технологический шаг, а стратегическая задача, обеспечивающая независимость и качество российской молекулярной диагностики».

По словам авторов разработки, программное обеспечение СамГМУ найдет широкое применение в сфере клинической лабораторной диагностики. Потенциальными потребителями продукта станут медико-генетические, клинико-диагностические лаборатории по всей России.

Фото предоставлено пресс-службой СамГМУ